Отключение от центрального отопления в многоквартирном доме в пользу автономного(отключаются только батареи в квартире от центр трубопровода, при этом никакого ограничения для остальных не существует) - это реконструкция?

Да, реконструкция, т.к. меняется способ отопления квартиры (или всех квартир) на новый. Однако, при условии, что в бухгалтерии Заказчика и Подрядчика эти работы относятся на статью затрат "реконструкция".