Заказчик требует брать на работы по ремонтным сборникам накладные и плановые по пункту "другие строительные работы". Я брала на разборку полов накладные и плановые по пункту "полы", разборка окон по пункту "окна" и т.д. Где-нибудь прописано как это применять правильно?

Прописано. Накладные расходы - МДС 81-4.99, сметная прибыль - МДС 81-25.2001. При ремонтных работах накладные принимаются согласно приложения № 2 и составляют 95%. Это укрупненный норматив. При расчете НР по видам строительных и монтажных работ (приложение № 3) следует пользоваться примечанием к нему, которое вводит понижающий коэффициент 0,9. Сметная прибыль определяется пунктом 2.2 МДС 81-25.2001 и равна она 50 % от ФОТ. В итоге при расчете НР и СП надо варианты просчитывать, что даже в самой огромной смете Smeta.ru делает за секунды.

Это я знаю, у нас производственные здания, накладные 100% по прил.3, плановые 50%. Интересует применение конкретных пунктов к определенным расценкам ремонтных сборников.

Ну Вам же написали с применением к=0,9.